Sejarah pemerintahan di Ternate diawali pada tahun 1257 pada masa terbentuknya kerajaan Moloku di bawah kekuasaan BAAB Mansur Malamo.  Berdasarkan Zelf Bestuur Regeling 1938. Ternate merupakan bagian dari 4 (empat) Swapraja di Daerah Maluku Utara disaping Tidore, Jailolo dan Bacan.

Pada masa kesultanan Ternate, struktur Pemerintahan telah tergambar dengan jelas di mana dalam kesultanan dibagi atas beberapa Distrik .Setiap Distrik dikepalai oleh seorang Distrik Hoofd yang membawahi beberapa Ender Distrik Setiap Ender Distrik dikepalai oleh seorang Ender Distri Hoofd.

Dalam mekanisme penyelenggaraan pemerinta pada saat itu seorang Distrik Hoofd dan Ender Distrik Hoofd diangkat dan diberhentikan oleh Sultan. Rakyat mengenal sebutan-sebutan tersebut dengan      “Sangadji” yang membawahi kampung-kampung dengan “Mahimo” sebagai kepalanya.

F. S.  A.  de  CLERCQ dalam bukunya  BIJDRAGEN  TOT  DE  KENNIS  DER  RESIDENTIE  TERNATE  terdapat  3 fase pemerintahan dengan dimasa kerajaan Ternate yaitu :

Fase Pemerintahan tahun 1257–1486 , berdirinya Kerajaan- Kerajaan dengan beberapa Kepala – kepala  Pemerintahan di Ternate

• Kaicil MASHUR  MALAMO  1257 – 1277   adalah   pemimpin   Kerajaan    pertama  dengan  menggunakan titel  Kolano. bertempat   tinggal di Sampalu, Gamlamo Tua.

• Kaicil  JAMIN , 1272 – 1284

• Kaicil  KAMALU  , 1284 – 1298

• Kaicil  BAKUKU  , 1284 – 1304   Pada  masa  Pemerintahannya, pusat pemerintahan kerajaan dipindahkan ke Foramadiahe

• Kaicil  NGARA    MALAMO , 1304 – 1317

• Kaicil  PATSARANGAH  MALAMO , 1317 – 1322

• Kaicil  SIDANG  ARIF  MALAMO, 1322 – 1331    Kempat  Kerajaan   Maluku   menyetujui   suatu Perserikatan   berdasarkan   persekutuan   Moti ( Moti Verbond ).Pada  masa  ini  banyak  orang  Jawa  dan  Arab berdiam  di  Ternate.

• Kaicil PAJIMALAMO, 1332–1332        

• Kaicil  SAH    ALAM  , 1332 – 1343  Ia memasukkan Pulau Makian di bawah kekuasaan Kerajaan Ternate

• Kaicil  TULU  MALAMO ,1343 – 1347 Perjanjian Moti  dibatalkan.       

• Kaicil  KIE   MABIJI , 1347 – 1350

• Kaicil  NGOLO  MACAHAYA ,1350 – 1357

• Kaicil  MAMOLO , 1357 – 1372

• Kaicil  GAPI  MALAMO  I , 1359 – 1372

• Kaicil  GAPI  BAGUNA  I  , 1372 – 1377   Putra tertuanya kawin dengan Putri Kerajaan Jailolo dan dengan demikian menjadi ahli waris   Kerajaan ini.

• Kaicili  KAMALU 1377 – 1432  

• Kaicil   SIN ( GAPI  BAGUNA II )  1432 – 1465

• Kaicil  MARHOEM   1465 – 1486 Putranya adalah Sultan ZAINAL  ABIDIN.

1486 – 1817 , masuknya   Agama   Islam   dan   tampilnya   Sultan   pertama    sampai    berakhirnya  Pemerintah    sementara  Inggris

• 1 4 8 6 

ZAINAL  ABIDIN,  Sultan  Ternate  pertama. Ia pergi ke Jawa berguru dan memperoleh ajaran Agama Islam dari Sunan Giri.  Menurut beberapa sumber, ia wafat ketika dalam perjalanan pulang, sedangkan sumber lain mengatakan bahwa ia memerintah hingga  akhir  abad  15.

• 1 5 0 0  

KAICIL  LELIATUR   Sultan   Ternate  yang  ke II.  Ia  mewajibkan seluruh kaula Kerajaan  berpakaian yang pantas dan harus menikah menurut hukum Islam..

• 1 5 3 5     

KAICIL   HAJOER  atau  HAIRUN,  Sultan  Ternate  ke-3.  Dalam daftar Raja – Raja Arab,  Ia tercatat memerintah dari  tahun  1538 – 1565.  Penulis Portugis  menyebutkan  Aciro.

• 1 5 7 0 

SULTAN  HAIRUN,  atas  perintah Wali  Negeri  de Mesquita dibunuh  dalam  Benteng oleh Portugis. BABULLAH  DATU  SAH,  Sultan  Ternate  ke – 4. Babullah  disebut sebagai Penguasa  72  Pulau,  walaupun di  Ternate  sendiri sebutan ini tidak  dikenal.Dibawah  kekuasaan  Sultan ini, Kerajaan – Kerajaan  Ternate  membentang  :

Di  bagian  Selatan  sampai  Bima 

Di  bagian  Barat  sampai  Makassar

Di  bagian  Timur  sampai  Banda

Di  bagian  Utara  sampai  Mindanao.

• 1 5 8 4 

SAIFUDDIN,  Sultan  Ternate  ke – 5. Dilahirkan sekitar tahun 1563 dan tinggal dengan  Ayahnya  di –Benteng  Gamlamo.

• 1 6 0 7  

KORNELIS  MATELIEF DE JONGE,  tiba di  Ternate dan  membangun  Benteng di  tempat bernama-Malajoe ( Fort  Oranje ). Pada  26 Juni Ia  mengadakan perjanjian dengan Mudaffar bahwa  untuk bantuannya melawan Spanyol, Ia memperoleh monopoli perdagangan rempah – rempah.Menurut catatan  Valentijn ( I B hal. 224 ) bahwa pada 1610, Mudaffar  dinobatkan sebagai  Sultan Ternate ke -6.Gerard  Gerardzoon  Van  Der  Buis  diangkat sebagai Ketua suatu Dewan yang terdiri dari 8 orang untuk mendampinginya

• 1 6 2 7

Sultan  Mudaffar  Wafat. Kaicil  Hamzah,  Sultan  Ternate  ke –7                

• 1 6 4 8

MANDARSYAH,   Sultan  Ternate  ke-8

• 1 6 7 5    .            .

KAICIL  SIBORI   Amsterdam, Sultan  Ternate  ke-9.Menurut  Van  Der  Crab,  Sultan ini memerintah hingga  tahun 1691, tetapi menurut  Valentijnhanya  sampai  1910.  Pada  tahun  1675,  Ia  mengurus seorang Duta ke Batavia,  dan dengan Duta ini Pemerintah Tertinggi  Belanda mengadakan perjanjian  tanggal 7 Januari 1676 dan  pada 12 Oktober.

• 1 6 9 2  

KAICIL  TOLOKO,  Sultan  Ternate  ke-10.Menurut  Van  Der  Crab,  titel Sultan  ini adalah : Said  Fathullah.  Sultan ini berkuasa hingga  1714.

• 1 7 1 4   

RAJALAUT,  Sultan  Ternate ke-11 Sultan ini berkuasa sampai tahun 1751  (1165  H ).                                       .

• 1 7 5 1     

KAICIL  OUTHOORN  INSAH,  Sultan  Ternate  ke-12. Setahun kemudian (1 7 5 2 ) terjadi penyatuan  Makian  dan  Kesultanan  Ternate  ( Perjanjian  4  juni )

• 1 7 5 4

SAHMARDAN,  Sultan  Ternate  ke-13.                                                                                                            .

• 1 7 6 3  

ZWAARDEKROON,  Sultan  Ternate  ke-14                                                                                                      .

• 1 7 7 7

KAICIL  ARUNSAH,  Sultan  Ternate  ke-15                                                                                                      .

……………………………………., Sultan Ternate ke 16

• 1 7 9 6

Sarka  atau Sarkan, Sultan  Ternate  ke-17.                                                                                                     

• 1 8 0 1

MOHAMMAD  YASIN, Sultan Ternate  ke-18.                                                                                                  

• 1 8 0 7

MOHAMMAD  ALI,  Sultan  Ternate  ke-19.Perjanjian Belanda dengan Sultan ini ditandatangani  di Benteng  Oranye,  tanggal 16 Mei 1807.  Butir dan pasal 14 perjanjian berbunyi : “ Sultan dan Pembesar – Pembesar Kerajaan berjanji akan tetap setia, pada pelindung mereka,  Kompeni Hindia Timur Belanda ( Nederland  Indische  Companie ) dan setiap tahun akan mengirim 2  budak laki-laki,  2  budak perempuan,  10  ekor  burung Kakatua  dan 10  ekor  burung Nuri berkepala merah.Perjanjian ini pada akhirnya tidak di tepati Ternate.Pemerintah Belanda  memperoleh berita, bahwa pada 1806 di Negeri Belanda,  Republik  Bataaf  di Negara itu  telah bertukar  dengan Kekaisaran  Perancis.

Fase 1945 sampai dengan 1958 , sesudah Masa Penjajahan

Pada akhir masa penjajahan Ternate tetap merupakan ibu kota Keresidenan yaitu Keresidenan Maluku Utara dalam kurun waktu 1945 s/d 1959 yang berturut-turut dipimpin oleh : Residen Iskandar Muhammad Djabir Sjah ( 1945 – 1950 ): Residen Zainal  Abidin Sjah.( 1950 – 1956 ) dan Residen D. M. Usman Sjah ( 1956 – 1959 ) 

Perkembangan struktur pemerintahan yang terjadi di awall masa kemerdekaan ini, ikut merubah struktur pemerintahan di daerah Maluku bagian utara . Perkembangan struktur pemerintahan secara nasional turut mempengaruhi sistim pemerintahan di Ternate ketika dikeluarkannya Undang-Undang nomor : 49, Tahun 1950 tentang pembentukan negara Indonesia Timur (NIT) di mana saat itu Maluku dibagi menjadi 2 Daerah yaitu Maluku Utara dan Maluku Selatan. Kemudian Undang-Undang No.5 1957 tentang Pokok pemerintahan Daerah mulai diberlakukan Prinsip Otonomi riil dan atasan dasar Undang-undang dimaksud dikeluarkan Undang-undang No. 23 Tahun 1957 sebagai dasar pembentukan Daerah otonom Maluku Utara yang kemudian di kokohkan dengan undang-undang No. 60 Tahun 1958 dimana kota Ternate merupakan pusat pemerintahan Daerah tingkat II Maluku Utara .

Lintasan perjalanan sejarah dan pergeseran sistim serta fungsi pemerintahan di Daerah pada saat itu bersama pula dengan kedudukan kota Ternate menjadi sebuah kota otonom karena disamakan dengan kota Praja lainnya yang dipimpin oleh seorang Walikota dan disamping Walikota terdapat sebuah dewan yang dinamakan Dewan Kota.

Status Kotapraja Ternate, sejak proklamasi sampai dengan tahun 1958, masing-masing dipimpin oleh beberapa orang Walikota yang antara lain : M.A.M SOLEMAN , Do  USMAN SYARIFUDDIN , HIN  DIAO  dan  J.A. WESPLAT

Fase Pemerintahan Kota Administratif Ternate    1982 – 1999

Pada masa pemerintahan Kecamatan Kotapraja Ternate, dalam perkembangannya telah menunjukan ciri-ciri perkotaan dan memenuhi ukuran baku untuk ditingkatkan status menjadi Kota Administratif . Hal ini menjadi perhatian pemerintah pusat sehingga pada tahun 1976 mengirimkan team departemen dalam Negeri untuk mengadakan serangkaian survei ke kota Ternate dalam rangka pengumpulan data Rencana Kota seluruh Indonesia.

Sebagai kelanjutannya pada tanggal 24 Maret 1980, diadakan serangkaian penelitian oleh pejabat Direktorat Pengembangan Perkotaan Departemen Dalam Negeri (Ir. Kesmet) untuk melihat sampai sejauh mana kemungkinan kecamatan Kotapraja Ternate ditingkatkan statusnya menjadi Kota Administratif Ternate.

Hasil penelitian tersebut diatas dituangkan dalam Surat Keputusan Menteri Dalam Negeri No. 135/1953/PUOD tanggal 20 Mei 1980 tentang peningkatan status Kotapraja Ternate menjadi Kota Administratif Ternate. Berdasarkan hasil penelitian tersebut oleh Bupati Kdh. Tingkat II Maluku Utara mengusulkan kepada Menteri Dalam Negeri dalam bentuk Surat Keputusan No. KPTS 48/8-1/1980 tanggal 3 Juli 1980 tentang Pembentukan Kota Administratif Ternate, dan diperkuat dengan Keputusan Dewan Perwakilan Rakyat Kabupaten Daerah Tingkat II Maluku Utara No. 1/KPTS/DPRD/MU/1980 tanggal 8 Juli 1980.

Dari serangkaian proses tersebut di atas maka oleh pemerintahan RI mengeluarkan Peraturan Pemerintahan No.45 tahun 1981 tanggal 3 Desember 1981 tentang Pembentukan Kota Administratif Ternate (Lembaran Negara No.64 tahun 1981)

Akhirnya pada tanggal 11 Maret 1982 kota Administratisf Ternate diresmikan statusnya menjadi Kota Administratif Ternate oleh Mendagri (Bapak Amir Machmud) .

Kota Administratif Ternate pernah dijabat oleh beberapa orang Walikota yaitu :

·          Tahun 1982 -1991 Walikota  Drs. Thaib Armaiyn

·          Tahun 1991 -1995 Walikota  Drs.M. Hasan

·          Tahun 1995 -1999 Walikota  Drs. Syamsir Andili

Fase Pemerintahan Daerah Otonom Kota Ternate    27 April 1999 s/d sekarang

Kota Administratif Ternate pada masa kepemimpinan Walikota Drs. Syamsir Andili mengalami perkembangan pesat di berbagai bidang .. maka tepatnya pada tanggal 7 Desember 1996 oleh Walikota Ternate Drs. Syamsir Andili mengajukan Proposal berjudul ” Peningkatan Status Kota Administratif Ternate menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Ternate  yang disampaikan kepada Bupati Kdh. Tingkat II Maluku Utara yang saat itu dijabat oleh Bapak Kol. Inf.Abdullah Assagaf   mendapat tanggapan positif dan dukungan dari berbagai pihak.Setelah melalui serangkaian  penelitian dan ekspose baik oleh Pemerintah Kota , Tim Peneliti dari Propinsi Maluku, maupun dari Departemen Dalam   Negeri akhirnya  melahirkan  Undang Undang RI. Nomor 11 tahun 1999 tanggal 22 April 1999 tentang Pembentukan Kotamadya Daerah Tingkat II Ternate dan diresmikan pada tanggal 27 April 1999  di Jakarta oleh Menteri Dalam Negeri RI. Atas nama Presiden RI. Sekaligus melantik Bapak Drs. Syamsir Andili sebagai Penjabat Walikotamadya Kdh. Tingkat II Ternate.  Konsekwensi ini telah menggiring Kota Ternate pada kemandirian berpemerintahan yang terpisah dari Kabupaten induknya ( Ma-luku Utara ) , maka pada tanggal 20 Mei 1999 telah dilaksanakan penandatanganan Berita Acara Penyerahan Wilayah dari Bupati Kdh. Tingkat II Malu ku Utara  Abdullah Assagaf kepada Walikotamadya Kdh. Tingkat II  Ternate Drs.Syamsir Andili disaksikan Gubernur Maluku A.Latuconsiha bertempat di Halaman Upacara kantor Walikota Ternate.                                       .